先日、PREにacceptされた論文ですが、
- Virtual Journal of Nanoscale Science & Technology
- Virtual Journal of Biological Physics Research
への掲載連絡が来ました。
virtual journal誌とは、様々な雑誌に投稿された論文の中でめぼしいものを見つけて集める、というものらしいです。
噂には聞いていたのですが、いざ自分に連絡が来るとイマイチ何かよくわからない感じがしますね。
virtual journal誌に対する周りの評価もまちまちです。
ただ、とりあえず自分のやった仕事が誰かの目にはとまった、ということですから、その点に関しては素直に喜んで良いのだと思います。
ちなみに、今もう一本論文を書いてます。
来月には投稿できるかな、という感じです。
さて、今度はどうなるでしょうか。
2009/02/24
つくばソフトマター研究会
昨日、今日と筑波大学で開催されたつくばソフトマター研究会に出席しました。
今年に入って、つくば近辺の大学、研究所に在籍しているソフトマター関連の研究者で割と定期的に集まる機会が増えていたのですが、今回はソフトマター物理の特定領域の協賛で研究会を開いた、という流れです。
講演の打診があったのでほいほいと引き受けたのですが、思ったよりも人数も多く、大規模な研究会になっていたのでちょっとびっくり。
場の雰囲気としてはざっくばらんな感じで、活発な議論が交わされていました。
今回、昔の研究結果に加え、最近の実験結果を急いでまとめて発表したのですが、まだこなれていないこともあって、少しとっちらかっているかなぁと感じながらしゃべっていました。
でも、公演後の質問もそれなりにあったし、まぁまぁだったのかな？という印象。
その後、懇親会に流れ込んだのですが、個別に話してみると思った以上に好感触。
これはさっさと論文にまとめるかな？
まだ、細かい解析はできてないけど、ものすごく発奮材料になる良い機会でした。
今年に入って、つくば近辺の大学、研究所に在籍しているソフトマター関連の研究者で割と定期的に集まる機会が増えていたのですが、今回はソフトマター物理の特定領域の協賛で研究会を開いた、という流れです。
講演の打診があったのでほいほいと引き受けたのですが、思ったよりも人数も多く、大規模な研究会になっていたのでちょっとびっくり。
場の雰囲気としてはざっくばらんな感じで、活発な議論が交わされていました。
今回、昔の研究結果に加え、最近の実験結果を急いでまとめて発表したのですが、まだこなれていないこともあって、少しとっちらかっているかなぁと感じながらしゃべっていました。
でも、公演後の質問もそれなりにあったし、まぁまぁだったのかな？という印象。
その後、懇親会に流れ込んだのですが、個別に話してみると思った以上に好感触。
これはさっさと論文にまとめるかな？
まだ、細かい解析はできてないけど、ものすごく発奮材料になる良い機会でした。
2009/02/17
湿度制御セル
昨日から、東海村で東京大学物性研究所の装置iNSEを使って実験中です。
今回の実験では、KEKの瀬戸教授が発注して作った湿度制御セルを初めて試しています。
このセルは試料の温度と湿度制御用の水溜めの温度を別々に制御することで湿度調整を行う、というもので、海外では割と広く使われているらしいです。
ただ、日本ではあまり使っている人が居ないみたいで、今回のセルもフランスの研究所のデッドコピーのような形で作成しました。
いろんな人に配線等、お世話になりながら何とか立ち上げ、ちょっとよく分からないながらもどうにか実験にこぎ着けました。
これがうまくいくと色々と実験の幅が広がるので、結果が楽しみです。
2009/02/10
論文受理
また更新が滞ってますね…
今日は、とりあえず論文が受理されました。
Phys. Rev. Lett.誌に投稿し、refereeが2人ついたのですが、片方はダメ、もう片方はOKというパターンでした。
この時点で、editorは「Phys. Rev. Eに格下げして審査を続けた方が良い」という判断を下したのですが、ダメという方もあまり本質的なコメントではないし、何か別の部分でごねてる(競合相手？)ような気がしたので、食い下がってPRLに再投稿することにしました。
が、結局refereeを変える/加えるといったこともなく「Phys. Rev. Eならこのまま載せる」という結果でした。
とりあえず、論文が受理されたことはめでたいですが、ちょっと微妙な気分です…
割と行けると思う仕事だったのになぁ。
やっぱ、refereeとのバトルは難しいですね。
まぁ、次がんばります。
今日は、とりあえず論文が受理されました。
Phys. Rev. Lett.誌に投稿し、refereeが2人ついたのですが、片方はダメ、もう片方はOKというパターンでした。
この時点で、editorは「Phys. Rev. Eに格下げして審査を続けた方が良い」という判断を下したのですが、ダメという方もあまり本質的なコメントではないし、何か別の部分でごねてる(競合相手？)ような気がしたので、食い下がってPRLに再投稿することにしました。
が、結局refereeを変える/加えるといったこともなく「Phys. Rev. Eならこのまま載せる」という結果でした。
とりあえず、論文が受理されたことはめでたいですが、ちょっと微妙な気分です…
割と行けると思う仕事だったのになぁ。
やっぱ、refereeとのバトルは難しいですね。
まぁ、次がんばります。
2008/12/17
水平型中性子反射率計@J-PARC
以前にもご紹介したとおり、J-PARCの中性子反射率計という装置建設に携わっております。
そのJ-PARCですが、12/23より供用が開始されまして、中性子反射率計もついに本格的な測定を開始いたしました(写真は測定の様子)。
ビームは3日間で、中性子ビームの出力も当初の予定の1/5でしたが、各種アライメントを行うと共に、無事初データを測定することに成功しました。
また、これまでKEKでは観測できなかった試料の測定にも成功しています。
私もこの実験に3日間立ち会いましたが、予想以上の高性能化に驚くことがしばしばでした。
これからも、より高度な測定を行えるよう様々な改良を加えていく予定ですし、これを用いた面白い実験もそろそろ考え始めています。
う～ん、今後が楽しみですね。
最後に、本格的な建設開始からわずか数ヶ月でここまでこぎ着けたというのは、まさに装置責任者である鳥飼准教授の努力のたまものだと思います。
私も(微力ながら)これに携わってきましたが、本当に頭が下がります。
来年も色々な仕事が目白押しですが、少しでもサポートできるようがんばって行かなきゃ！
そう心に誓いながら(多分)今年最後の更新を終えたいと思います。
それではみなさん良いお年を。
stopped-flow実験@SPring8
12/10,11とSPring8へ実験に行ってきました。今回は、京都大学薬学部の中野准教授との共同研究で、Stopped-flowセルを用いた時分割のX線小角散乱実験を行いました。これまで、リン脂質を用いた実験をメインに行ってきましたが、これでいよいよタンパク質デビュー(?)を果たしたことになります。試料が貴重ということもあり、これまでの実験より色々と気を遣いますが、より実際の生体に近い現象を取り扱うわけですから、当然と言えば当然かもしれません。まだ本格的なデータ解析をしてませんが、うまくいってるといいなぁ。
全然関係ないですが、今回の実験で今年の科研費は使い切ってしまいました。残り3ヶ月、慎ましやかに生きていこうと思います。
2008/11/24
勝手に論文紹介(9,10月分)
すみません。更新さぼってました。
もう少し暇を見つけて更新しないとなぁ…
そういうわけでたまっていた論文紹介です。
Sanoop Ramachandran, P. B. Sunil Kumar, and Mohamed Laradji, "Lipid flip-flop driven mechanical and morphological changes in model membranes", J. Chem. Phys. 129 (2008) 125104.
リン脂質二重膜のシミュレーションに関する論文。膜の表と裏で分子が入れ替わるflip-flop現象の効果を調べている。この論文によると、表→裏と裏→表でflip-flopのしやすさが違う場合に膜から新たな小胞が形成されるbuddingが起きるらしい。
Yukiko Suganuma, Naohito Urakami, Rina Mawatari, Shigeyuki Komura, Kaori Nakaya-Yaegashi, and Masayuki Imai, "Lamellar to micelle transition of nonionic surfactant assemblies induced by addition of colloidal particles", J. Chem. Phys., 129 (2008) 134903.
非イオン性界面活性剤がつくる二分子膜のラメラ構造にコロイド粒子を添加した際の構造変化を調べた論文。粒子の濃度が低いと膜の間に粒子が入るが、濃度が増えるとコロイド粒子が膜の揺らぎを阻害することによりエネルギーロスが大きくなり、ミセルへと転移する。
Xiaozhong Qu, Leila Omar, Thi Bich Hang Le, Laurence Tetley, Katherine Bolton, Kar Wai Chooi, Wei Wang, and Ijeoma F. Uchegbu, "Polymeric Amphiphile Branching Leads to Rare Nanodisc Shaped Planar Self-Assemblies"
様々な種類の両親媒性ポリマーとコレステロールを混合した際に形成される自己組織膜をcryo-TEMで調べた論文。親水部の大きさを小さくしていくと、単層膜ベシクルからdisk構造へと転移することを明らかにしている。
M. L. Henle, R. McGorty, A. B. Schofield, A. D. Dinsmore, and A. J. Levine, "The effect of curvature and topology on membrane hydrodynamics", Europhys. Lett. 84 (2008) 48001.
油中水滴の表面をコートしたビーズやロッドの動きを理論、実験両面から調べた論文。油と水の速さの違いによって水滴表面の流れが阻害されることを示している(界面が平面だとこの現象は起きないらしい)。
Ryugo Tero, Toru Ujihara, and Tsuneo Urisu, "Lipid Bilayer Membrane with Atomic Step Structure: Supported Bilayer on a Step-and-Terrace TiO2(100) Surface", Langmuir 24 (2008) 11567.
酸化チタンの表面に形成されるテラス構造の上に作成したリン脂質の単層膜(支持膜)を原子間力顕微鏡で調べた論文。支持膜の凹凸が酸化チタンの表面構造をそのまま反映するため、リン脂質をいくつか混ぜるとその凹凸によって面内相分離が形成されるらしい。
S. Kundu, D. Langevin, and L.-T. Lee, "Neutron Reflectivity Study of the Complexation of DNA with Lipids and Surfactants at the Surface of Water", Langmuir 24 (2008) 12347.
気液界面に作成したリン脂質のLangmuir膜とDNAの相互作用を調べた論文。Ca2+イオンなどを加えて膜が圧縮された状態の方がDNAとの結合が強くなるとある。あと、カチオン性の界面活性剤を入れると結合が強くなるともある。単に電荷の問題か？
Matthew Roark and Scott E. Feller, "Structure and Dynamics of a Fluid Phase Bilayer on a Solid Support as Observed by a Molecular Dynamics Computer Simulation", Langmuir 24 (2008) 12469.
MDシミュレーションで基板上のリン脂質膜について水和の効果を調べた論文。水和の量を変えたときに親水部の水和量、水の配向等が変化する様子を議論している。
Tsumoru Shintake, "Possibility of single biomolecule imaging with coherent amplification of weak scattering x-ray photons", Phys. Rev. E 78 (2008) 041906.
X線で生体分子の単分子観測を行うためのアイディアに関する論文。観測した異分子に金のナノ粒子をつけることにより、金粒子と観測分子の間の干渉をとらえよう、ということだと思う。
Yunfen He, Pei I. Ku, J. R. Knab, J. Y. Chen, and A. G. Markelz, "Protein Dynamical Transition Does Not Require Protein Structure", Phys. Rev. Lett. 101 (2008) 178103.
テラヘルツ分光でタンパク質のダイナミクスを調べた論文。200K付近でタンパク質の動きが急に激しくなるのだが、それが側鎖と溶媒の相互作用によることを明らかにした、ということらしい。
もう少し暇を見つけて更新しないとなぁ…
そういうわけでたまっていた論文紹介です。
Sanoop Ramachandran, P. B. Sunil Kumar, and Mohamed Laradji, "Lipid flip-flop driven mechanical and morphological changes in model membranes", J. Chem. Phys. 129 (2008) 125104.
リン脂質二重膜のシミュレーションに関する論文。膜の表と裏で分子が入れ替わるflip-flop現象の効果を調べている。この論文によると、表→裏と裏→表でflip-flopのしやすさが違う場合に膜から新たな小胞が形成されるbuddingが起きるらしい。
Yukiko Suganuma, Naohito Urakami, Rina Mawatari, Shigeyuki Komura, Kaori Nakaya-Yaegashi, and Masayuki Imai, "Lamellar to micelle transition of nonionic surfactant assemblies induced by addition of colloidal particles", J. Chem. Phys., 129 (2008) 134903.
非イオン性界面活性剤がつくる二分子膜のラメラ構造にコロイド粒子を添加した際の構造変化を調べた論文。粒子の濃度が低いと膜の間に粒子が入るが、濃度が増えるとコロイド粒子が膜の揺らぎを阻害することによりエネルギーロスが大きくなり、ミセルへと転移する。
Xiaozhong Qu, Leila Omar, Thi Bich Hang Le, Laurence Tetley, Katherine Bolton, Kar Wai Chooi, Wei Wang, and Ijeoma F. Uchegbu, "Polymeric Amphiphile Branching Leads to Rare Nanodisc Shaped Planar Self-Assemblies"
様々な種類の両親媒性ポリマーとコレステロールを混合した際に形成される自己組織膜をcryo-TEMで調べた論文。親水部の大きさを小さくしていくと、単層膜ベシクルからdisk構造へと転移することを明らかにしている。
M. L. Henle, R. McGorty, A. B. Schofield, A. D. Dinsmore, and A. J. Levine, "The effect of curvature and topology on membrane hydrodynamics", Europhys. Lett. 84 (2008) 48001.
油中水滴の表面をコートしたビーズやロッドの動きを理論、実験両面から調べた論文。油と水の速さの違いによって水滴表面の流れが阻害されることを示している(界面が平面だとこの現象は起きないらしい)。
Ryugo Tero, Toru Ujihara, and Tsuneo Urisu, "Lipid Bilayer Membrane with Atomic Step Structure: Supported Bilayer on a Step-and-Terrace TiO2(100) Surface", Langmuir 24 (2008) 11567.
酸化チタンの表面に形成されるテラス構造の上に作成したリン脂質の単層膜(支持膜)を原子間力顕微鏡で調べた論文。支持膜の凹凸が酸化チタンの表面構造をそのまま反映するため、リン脂質をいくつか混ぜるとその凹凸によって面内相分離が形成されるらしい。
S. Kundu, D. Langevin, and L.-T. Lee, "Neutron Reflectivity Study of the Complexation of DNA with Lipids and Surfactants at the Surface of Water", Langmuir 24 (2008) 12347.
気液界面に作成したリン脂質のLangmuir膜とDNAの相互作用を調べた論文。Ca2+イオンなどを加えて膜が圧縮された状態の方がDNAとの結合が強くなるとある。あと、カチオン性の界面活性剤を入れると結合が強くなるともある。単に電荷の問題か？
Matthew Roark and Scott E. Feller, "Structure and Dynamics of a Fluid Phase Bilayer on a Solid Support as Observed by a Molecular Dynamics Computer Simulation", Langmuir 24 (2008) 12469.
MDシミュレーションで基板上のリン脂質膜について水和の効果を調べた論文。水和の量を変えたときに親水部の水和量、水の配向等が変化する様子を議論している。
Tsumoru Shintake, "Possibility of single biomolecule imaging with coherent amplification of weak scattering x-ray photons", Phys. Rev. E 78 (2008) 041906.
X線で生体分子の単分子観測を行うためのアイディアに関する論文。観測した異分子に金のナノ粒子をつけることにより、金粒子と観測分子の間の干渉をとらえよう、ということだと思う。
Yunfen He, Pei I. Ku, J. R. Knab, J. Y. Chen, and A. G. Markelz, "Protein Dynamical Transition Does Not Require Protein Structure", Phys. Rev. Lett. 101 (2008) 178103.
テラヘルツ分光でタンパク質のダイナミクスを調べた論文。200K付近でタンパク質の動きが急に激しくなるのだが、それが側鎖と溶媒の相互作用によることを明らかにした、ということらしい。
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